Desde la creación de FAPALUGO son, y han sido, sus objetivos principales:
- Defender la calidad de enseñanza de acuerdo con el Proyecto Educativo de cada Centro asociado.
- Promover y defender el derecho que asiste a todos los padres a que sus hijos reciban la formación moral y religiosa de acuerdo con sus propias convicciones.
- Defender los derechos de las familias y de los padres, como responsables de la educación de sus hijos.
- Defender, promover, desarrollar y cumplir el contenido de los artículos 26 y 27 de la Declaración Universal de los Derechos Humanos.
- Coordinar las acciones necesarias y nombrar, en su caso, las representaciones que procedan ante las Instituciones y organismos de todo tipo, en cuanto afecte a la instrucción y educación de los hijos y a su formación integral, científica, moral, social y religiosa, en el respeto a las libertades individuales y a su promoción personal.
- Excluir de sus acciones todo matiz político partidista y, consecuentemente, defender la institución escolar de toda politización.